所属など

目指すもの

• WinやMac、Linuxなどプラットフォームに依存しないRStudio環境の構築
• すぐに廃棄できて、すぐに構築できるようにする
• 作った環境をみんなに共有できるようにする

実行します

• デモをします
  • 今日説明する下準備を終えてます

  • Terminalから所定のディレクトリで以下のコマンドを実行

    $ vagrant up

• しばらく時間かかるので、話を進めます

Rはクロスプラットフォーム?

• 「Rはクロスプラットフォームだ」とよく言われる
  • 確かにWindows, Mac ,主要Linuxディストリビューションで対応
  • ほとんどのパッケージがそれぞれで利用可能
• そしてRStudioも各種プラットフォームに対応
  • Windows, Mac, 主要Linuxディストリに対応
  • 各種機能も十分に機能

Rは「クロスプラットフォーム」ですね。

プラットフォーム間での悩み

でも実際使ってるといろいろ悩みが発生する

ひとりで使う分にはそこまで気にならないが、それでも…

仮想環境のススメ

仮想環境を準備すれば…

メリット

• 作業環境をほとんど共通化できる
  • 仮想マシンのOSを揃えればOK
• ホストマシンと切り離せる
  • 多少無茶しても作り直せる
  • 色々テストしてみても構わない

仮想マシンを作るには

1. 仮想環境用のソフトウェアをインストール
   • VirtualBoxやVMware、Parallelなど
2. 各種ソフトウェアで仮想マシンを作る
   • CPU数、メモリ、記憶領域、ネットワーク設定など
3. 仮想マシンにOSをインストール
   • 準備してください
4. 仮想マシンの初期設定、作業環境準備
   • 要するに新しいマシンをセットアップ

もっと楽にしてくれ!

• 新しいマシンを準備するということには変わりない
  • 一からセットアップしていく必要
• 仮想マシンのOSはオープンなものを利用
  • 使ってない人にはその使い方から学習する必要
• やることが多くて面倒
  • もっとこう、シンプルな手段を…

RStudio Serverという提案

• RStudioのサーバーアプリケーション版
  • サーバーにRとRStudioをインストール
  • ブラウザでアクセスし、ブラウザで実行
  • デスクトップ版と機能的に遜色なし
  • プラットフォームに依存しない!!
• 別途Linuxサーバーが必要
  • 自前でサーバーをこしらえるのは大変…
  • でもWebブラウザでアクセスできるならどこでもOK
  • つまり、ローカルの仮想マシンでもOK!!

どうすればいい?

つまり、こういうことです。

• 仮想環境としてLinuxのサーバーをローカルに構築
• その仮想マシンにRとRStudio Serverをインストール
• Webブラウザからアクセスして使う

実現すると…?

こうなります。

手順

1. Terminal環境の準備(主にWin)
2. 仮想化に必要なソフトウェアのインストール
   • VirtualBox, Vagrant
3. 仮想マシンの作成
   • boxイメージの取得
   • 仮想マシンの作成と起動・ログイン
4. 仮想マシンにRとRStudioServerのインストール
5. ブラウザでログインして動作確認

詳細は、こちらのQiita記事にまとめました:
Vagrantでローカルの仮想マシンにRStudioServer環境を作る - Qiita

1. Terminal環境の準備

• Windows8.1の場合
  • さっきの記事に書いたのでそちらを参照してください
  • MSYS2をインストール&設定
• Macの場合
  • 標準でTerminalがはいってるので、それでOKです
  • 私はiTerm2を使ってます

2. 仮想化に必要なソフトウェアのインストール

• VirtualBox
  • 仮想環境を準備してくれるソフトウェア
  • 以下より各プラットフォーム向けの最新版をDLして入れてください
    https://www.virtualbox.org/
• Vagrant
  • 仮想環境を簡単に構築できるようにするソフトウェア
  • 以下より各プラットフォーム向けの最新版をDLして入れてください
    https://www.vagrantup.com/

3. 仮想マシンの作成

3.1 ボックスファイルのDLと追加(Win, Mac)

• 仮想マシンのベースになるファイル
  • OSや各種基本的な設定が完了しているもの
  • まあ要するに「工場出荷状態」のイメージみたいなもの

• 今回はUbuntu公式の14.04をもってきてみます

  $ vagrant box add ubuntu1404 https://cloud-images.ubuntu.com/vagrant/trusty/current/trusty-server-cloudimg-amd64-vagrant-disk1.box

  • vagrant box add ubuntu1404のubuntu1404は、このボックスの名称です。あとで使います。
  • マシンのベースになるものなので、数百MBにもなります
  • この後にも色々DLしてくるので、通信制限のない安定した回線下で作業することをオススメします

3.2 仮想マシンの準備(Win)

以下、Terminalで実行しています

1. 適当な場所にVagrant用のディレクトリ(フォルダ)を作成

   • 今回はユーザーのホームディレクトリ下に準備

     $ mkdir -p /c/Users/(ユーザー名)/Vagrant/ubuntu1404

2. 作成したディレクトリへ移動

   $ cd /c/Users/(ユーザー名)/Vagrant/ubuntu1404/

3. 仮想マシンの初期化

   $ vagrant init ubuntu1404

   • vagrant initで初期化、ubuntu1404はボックス名
   • これでこのディレクトリにVagrantfileが作成

3.3 仮想マシンの準備(Mac)

ディレクトリへのパスの書き方が変わるだけであとは共通です

$ mkdir -p ~/Vagrant/ubuntu1404
$ cd ~/Vagrant/ubuntu1404/
$ vagrant init ubuntu1404

3.4 仮想マシンの作成

さあ、準備したディレクトリで以下のコマンドを実行しましょう

$ vagrant up

これで一気にubuntu14.04サーバーがローカルに構築!

3.5 仮想マシンへのログイン(ssh)

• まだ作っただけなので、操作をするためにsshログイン

  • 先ほどのディレクトリで以下のコマンドを実行

    $ vagrant ssh

  • 今回はネットワーク設定を変更していないのでこれでいけます
  • もし通常のsshでログインするなら、IPまわりの設定を確認してください

    • いじってなければこれでいけるはず

      $ ssh -p 2222 vagrant@127.0.0.1

4. RとRStudioServerを導入

4.1 Rのインストール

• 要するにUbuntuにRをインストールする方法と同一
  • そのままインストールするとちょっと古いのが入る
  • Rの最新版を入れる手順でやります
• vagrant sshで仮想マシンにログインして以下を実行

  • gpgは、Webによく転がっている方法とプロコトルが違います

    $ echo "deb https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu trusty/" | \
      sudo tee -a /etc/apt/sources.list.d/cran.list

    $ gpg --keyserver hkp://keyserver.ubuntu.com:80 --recv-keys E084DAB9
    $ gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -

    $ sudo apt-get update
    $ sudo apt-get upgrade
    $ sudo apt-get install r-base-dev

4.2 RStudoServerのインストール

最新の安定版(0.99.879)を入れます。公式の手順とは少し違いますが大丈夫です。

wget https://s3.amazonaws.com/rstudio-dailybuilds/rstudio-server-0.99.876-amd64.deb
sudo dpkg -i *.deb
sudo apt-get -f install rstudio-server

4.3 仮想マシンの設定を変更して再起動

• ポートフォワーディングの設定が必要

  • まずは仮想マシンからでます

    (仮想側)$ exit

  • Vagrantfileを開く

  • forwarded_port設定を書き換える

    config.vm.network "forwarded_port", guest: 8787, host: 1111

  • コメントアウト(行頭に#)が入ってます。hostの番号は任意。

• 編集したら仮想マシンを再起動

  (ホスト側)$ vagrant reload

5.ブラウザでアクセス

Yeah!!

どこが「簡単」なんだよ!!!

よろしい、ならばVagrantfileだ

vagrant upをする前に、Vagrantfileに必要事項を編集しておけば、仮想マシンを建てたあとに自動的に色々実行できます

• 最初はとっつきにくいかも
• でも自動的に処理ができる
• つまり、何度やっても誰がやっても同じ環境を作れる
• このファイルさえ共有すればすべてOK

今回の内容をまとめたもの

Vagrant.configure(2) do |config|

# 通常はこちらを使って下さい
# config.vm.box = "ubuntu/trusty64"

# この記事の上の方で登録したboxを利用するため"ubuntu1404"としています
  config.vm.box = "ubuntu1404"

# 共有ディレクトリ設定(コメントアウトしてます)
 # config.vm.synced_folder "../data", "/vagrant_data"

# ポートフォワーディング設定
  config.vm.network "forwarded_port", guest: 8787, host: 1111

#仮想マシンのメモリ設定
  config.vm.provider "virtualbox" do |vb|
    vb.memory = "2048"
  end

# 以下プロビジョニング用スクリプト
$script = <<SCRIPT
echo "deb https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu trusty/" > /etc/apt/sources.list.d/cran.list
sudo apt-key adv --keyserver hkp://keyserver.ubuntu.com:80 --recv-keys E084DAB9
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y r-base r-base-dev

## for install devtools, rvest(libxml2)
# sudo apt-get install -y libcurl4-openssl-dev libssl-dev libxml2-dev

## r-packages install
# sudo R -e "install.packages('devtools', repos = 'https://cran.rstudio.com/', dep = TRUE)"
# sudo R -e "install.packages('ggplot2', repos = 'https://cran.rstudio.com/', dep = TRUE)"
# sudo R -e "install.packages('dplyr', repos = 'https://cran.rstudio.com/', dep = TRUE)"
# sudo R -e "install.packages('tidyr', repos = 'https://cran.rstudio.com/', dep = TRUE)"
# sudo R -e "install.packages('stringr', repos = 'https://cran.rstudio.com/', dep = TRUE)"
# sudo R -e "install.packages('rvest', repos = 'https://cran.rstudio.com/', dep = TRUE)"
# sudo R -e "install.packages('rmarkdown', repos = 'https://cran.rstudio.com/', dep = TRUE)"
## rstudio-server install
wget https://s3.amazonaws.com/rstudio-dailybuilds/rstudio-server-0.99.876-amd64.deb
sudo dpkg -i *.deb
sudo apt-get -f install rstudio-server
rm *.deb
SCRIPT

# スクリプト実行
  config.vm.provision "shell", inline: $script

end

コメントアウトしてますが、Rのパッケージをインストールする内容も書いてます。
これをVagrantfileとして保存してvagrant upすればOK

注意事項

• 私の手元では無事に走りました…が、うまくいかないときはご連絡ください
• vagrant upすると相当ながいことターミナルに出力が吐き出されます(特にシェルスクリプト部分)。実際に利用するとなったら、エラーのみ標準出力させるよう修正したほうがいいです。
• 共有ディレクトリ設定# config.vm.synced_folder "../data", "/vagrant_data"は自分が管理しやすいところにしておいた方がいいでしょう。OSによってパスの書き方が変わるので注意してググってください。

ローカルにRStudioServerを準備するには

0. Terminal環境を準備
1. VirtualBoxとVagrantをインストール
2. 適当なディレクトリを準備
3. Vagrantfileを作成(コピペ)
4. そのディレクトリで$ vagrant upを実行
5. ブラウザでアクセスしてログイン

これでOK!

Enjoy!

参考資料:

• Vagrantでローカルの仮想マシンにRStudioServer環境を作る - Qiita