Ubuntuで
Rによる分析レポート作成

前田 和寛(@kazutan)

2016/06/26

はじめに

自己紹介

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今日のお話

  • Rとは
  • UbuntuでRをつかう
  • Rで分析レポート
  • R Markdownでこんなことできます

今日は事例紹介を中心にお話します。実際の作成物やコードなどは後で公開します(#ubuntujpつけてTwitterに流します)

Rとは

統計解析環境

  • 分析屋が分析のために開発
    • 最新版は3.3.1
    • オープンソース
  • クロスプラットフォーム
    • Windows, Mac, Linux主要ディストリビューション
    • とはいえ使うとなると多少は違いが出てくる
  • 多くのパッケージが公開
    • 開発が活発
    • CRANに登録されているだけで8000以上
    • GitHubにもたくさん

できること

  • データ取得・整形
    • データベース接続、スクレイピングなど
    • データハンドリング、前処理
  • 分析
    • 統計的検定、ベイズ推定など
    • 機械学習、DeepLearningなど
    • テキストマイニングなど
    • 空間地理統計など
  • 可視化
  • ドキュメント生成
  • アプリケーション開発
  • その他いろいろ

特徴

  • 一連の作業がRで完結
    • 前のスライドの通り
  • コミュニティが非常に活発
    • 日本各地にコミュニティが存在
    • 勉強会などがたくさん開催
  • 書籍や資料が豊富
    • もう追い切れないほどに書籍が
    • 国内だけでも毎週大量の記事がUp
  • 実装が早い
    • 「こんなのないかな?」と思うものは(探せば)たいがいどっかにある
    • 最近では「ほげほげ r」でググればすんなりHitする
  • 自分で開発もできる
    • 「ないなら作ればいい」

UbuntuでRを使う

Rのインストール

RはCRAN(The Comprehensive R Archive Network)のミラーからもってきます。基本的な手順は以下のページを参照してください:

https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html

RStudio

  • RのためのIDE
    • オープンソース、クロスプラットフォーム
    • デスクトップ版とサーバー版と有償サーバー版
  • 便利機能満載
    • プロジェクト単位による管理
    • 使いやすいUI
    • 各種コード補完、カラーリング
    • Git連携、Build　etc…
  • ほとんどのRユーザーはこれを使ってる

UbuntuでRStudioを使うには

  • Ubuntuでもデスクトップ版が存在
    • ただし、そのままでは日本語が入力できない
      • 14.04ならいくやさんのおかげで使えるようになりました
  • RStudioServerをおすすめします

Rでレポート作成

Rでレポート作成するには

  • R Markdownを利用します
    • MarkdownにRのコードを評価するブロック(Rチャンク)を組み込めるようにしたようなもの
    • 拡張子は.Rmd
    • Markdownの基礎があれば、Rチャンクを少し勉強すれば利用可能
    • RStudioを使うと抜群に楽になる
    • (デモ)

R Markdownの仕組み

  • R Markdownは以下の流れでドキュメントを生成します
    • まずはknitrパッケージでRチャンク部分などを処理
    • 生成されたmdファイルをpandocというドキュメント変換アプリで変換
    • このパッケージにPandocが内包されているので、何も考えなくても使える

対応する出力形式

  • いろんなものに対応しています(一部抜粋)
    • htmlファイル
      • 基本かつ最強。最もRmdを活かせるタイプ。
    • pdfファイル
      • tex環境が必要。いくつか地雷があるけど整えれば楽しい。
    • docxファイル
      • Officeをインストールしてなくても生成可能。
    • odtファイル
      • LibreOfficeなどで利用可能。
    • mdファイル
      • Githubやブログ記事向け。
    • rtfファイル
      • リッチテキスト形式。

Rチャンク

Rチャンクとは

  • Rのコードを記述したブロック

    • 基本的な書き方は以下の通り

      ```{r}
head(iris)
```

    • ちなみに実行結果は以下の通り:

##   Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
## 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
## 2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa
## 3          4.7         3.2          1.3         0.2  setosa
## 4          4.6         3.1          1.5         0.2  setosa
## 5          5.0         3.6          1.4         0.2  setosa
## 6          5.4         3.9          1.7         0.4  setosa

Rチャンクの基本

  • 冒頭にYAMLヘッダ
    • ドキュメント設定などはここに記載
  • Rチャンクはいくつでも設置可
    • チャンクに名前をつけることも可能
    • 結構詳細にオプションを設定可能
    • Rオブジェクトを引き継ぐことも可能
  • 通常と(ほぼ)同じようにRが使える
    • パッケージ読み込み
    • データファイルへのアクセス
    • ただしパスについてはちょっと気をつける点も

R Markdownを習得するには

今回は時間の都合上省略します。以下参考資料です。

R Markdownで何ができる?

いろんなフォーマットに出力

  • Pandocを利用して、様々な出力に対応
  • テンプレートを整備して、パッケージで提供しているものも
    • Tufteスタイル
    • APAスタイル
    • reveal.jsスライド(このスライド)
  • もちろん自作できます
    • 本家ドキュメントに作り方が記載
    • でもちょっとめんどい

動的コンテンツ作成

Webサイト構築

  • RStudioのBuilt機能を使って、一気にサイト構築も
    • RmdにはBootstrapが標準で組み込まれている
    • Bootstrapをベースにしたサイトが作れる
  • (デモ)

ダッシュボード作成

  • ダッシュボードも簡単に作れます
    • {flexdashboard}パッケージを利用
  • Rのスクリプトをうまく使えば…
    • Rmdで雛形作成
    • データセットの1レコードずつをダッシュボードに流し込む
    • それを一気にサイトとして構築
  • (デモ)

Enjoy!