R Markdown入門

Hijiyama.R #5

2016/10/15

自己紹介

基本データ

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今日のお話

Rでドキュメント生成

  • Rはデータ解析
  • 実はRでドキュメントを生成することが可能
    • R Markdownを利用
    • その便利さ、その将来性に注目が
  • 今日はR Markdownによるドキュメント生成をご紹介

Rでやるメリット

  • 分析からレポート生成までが完結
    • WordもExcelも(そしてぱわぽも)いらない
    • コピペ汚染からの開放
  • 再現性の確保
    • 同一の内容をそのまま再現できる
  • 再利用、配布が簡単
    • コードを簡単に再利用可能
    • テキストデータなので運用が簡単
  • 作るのが簡単
    • ドキュメント部分は基本Markdown
  • and more!!

デモ

使えるようになるとこんなことができるようになります:

基本的な考え方

  1. R Markdownファイルを準備
  2. 中身を記述
  3. レンダリングして出力を確認
  4. 2と3を繰り返す
  5. 完成

まずはMarkdown記法

注意事項

  • Markdownとは何かについては省略
  • mdには色々な“方言”が
    • RmdはPandoc Markdownです
  • RStudioにはクイックリファレンスが
    • [Help] - [Markdown Quick Reference]
    • これみとけばOK
  • サンプルはこちら(文字化けしたら、ブラウザの文字コードを変更してください)
    • htmlへレンダリングした結果はこちら

見出し(h1-h4)

# レベル1(h1)
## レベル2(h2)
### レベル3(h3)
#### レベル4(h4)
  • 文書構造を明確にするためにも、きっちり割り振る
    • レベル1は通常文書タイトル(章クラス)
    • レベル2は通常節クラス
    • 以下準じて下がっていく
  • 極力見出しの前後は空行をいれとくといいです

段落(p)と強制改行(br)

「もうすこしだ！　この山を越えると、梅の林がある。――疾く参って梅林の木陰に憩い、思うさま梅の実みをとれ。――梅の実をたたき落して喰え」

　聞くと、奄々と渇にくるしんでいた兵も、  
「梅でもいい！」  
「梅ばやしまで頑張れ」と、にわかに勇気づいた。

　そして無意識のうちに、梅の酸っぱい味を想像し、口中に唾をわかせて、渇を忘れてしまっていた。

　――梅酸渇を医す。
  • 上下に空行を挟むと、そこを段落ブロック(p)として認識
  • 行末に半角スペース2つ以上いれると強制改行(br)

番号なし箇条書き(ul>li)

- 箇条書き1
    - 箇条書き1-1
- 箇条書き2
    * 箇条書き2-1
    * 箇条書き2-2
  • 記号とスペースの後に内容を記述
    • どちらでもOK
    • 行頭の空白4つで1レベル下がる

番号あり箇条書き(ol>li)

1. 番号1
    1. 番号1-1
2. 番号2
    1. 番号2-1
    2. 番号2-2
  • 番号とピリオドとスペースの後に内容を記述
    • 行頭の空白4つで1レベル下がる

コードブロック(pre>code)

```
(ここにコード記述)
```
  • 入力した内容がそのまま表示されます
    • Rのコードは評価されません

強調表示

*斜体*、もひとつ_斜体_
**太字**、もひとつ__太字__
  • 上記のとおりです
  • 強調具合などはCSSなどに依存します

リンク、画像

- http://blog.kz-md.net/
- [リンク文字](http://blog.kz-me.net/)

![R looo](https://www.r-project.org/Rlogo.png)
![zou-san](pics/user.png)
  • 基本、相対パスや絶対パスの両方OK
  • URLでもOK

その他

  • 以下の内容もいけます
    • 脚注
    • Latex数式
    • 表
    • 水平線
  • Pandoc Markdownなら大抵OKです

R Markdownの書き方

Markdownとの違い

  • MarkdownにRのコードを評価するブロック(Rチャンク)を組み込めるようにしたようなもの
    • 拡張子は.Rmd
    • Markdownの基礎があれば、Rチャンクを少し勉強すれば利用可能
    • RStudioを使うと抜群に楽になる
    • ただし文字コードの闇は深い

R Markdownの仕組み

  • R Markdownは以下の流れでドキュメントを生成します
    • まずはknitrパッケージでRチャンク部分などを処理
    • 生成されたmdファイルをpandocというドキュメント変換アプリで変換

対応する出力形式

  • いろんなものに対応しています(一部抜粋)
    • htmlファイル
      • 基本かつ最強。最もRmdを活かせるタイプ。
    • pdfファイル
      • tex環境が必要。いくつか地雷があるけど整えれば楽しい。
    • docxファイル
      • Officeをインストールしてなくても生成可能。
    • odtファイル
      • LibreOfficeなどで利用可能。
    • mdファイル
      • Githubやブログ記事向け。
    • rtfファイル
      • リッチテキスト形式。

Rチャンク

Rチャンクとは

  • Rのコードを記述したブロック

    • 基本的な書き方は以下の通り

      ```{r}
head(iris)
```

    • ちなみに実行結果は以下の通り:

##   Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
## 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
## 2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa
## 3          4.7         3.2          1.3         0.2  setosa
## 4          4.6         3.1          1.5         0.2  setosa
## 5          5.0         3.6          1.4         0.2  setosa
## 6          5.4         3.9          1.7         0.4  setosa

Rチャンクの基本

  • 冒頭にYAMLヘッダ
    • ドキュメント設定などはここに記載
  • Rチャンクはいくつでも設置可
    • チャンクに名前をつけることも可能
    • 結構詳細にオプションを設定可能
    • Rオブジェクトを引き継ぐことも可能
  • 通常と(ほぼ)同じようにRが使える
    • パッケージ読み込み
    • データファイルへのアクセス
    • ただしパスについてはちょっと気をつける点も
  • 文字コード…
    • Why are you using SJIS?問題

Rチャンク オプション

  • そのRチャンクでの設定を記述
    • 設定項目はたくさんある
    • そのあたりはリファレンスを参照
    • 以下、絶対覚えるべきものだけ紹介
```{r chank-name, eval=TRUE}
head(iris)
```

echo(コード部の表示・非表示)

  • Rのチャンクコードを表示させるかどうか
    • echo=FALSEで非表示
    • あくまで表示に関することだけ
    • コード評価をするかどうかは影響しない
```{r, echo=FALSE}
head(iris)
```

eval(コード部の評価・非評価)

  • Rチャンクのコードを評価するかしないか
    • eval=FALSEで非評価
```{r, eval=FALSE}
head(iris)
```

include(レポートに組み込むか否か)

  • Rチャンクをレポートに組み込むかどうか
    • include=FALSEでレポートから除外
    • でもコードは評価されます
    • セットアップとか前処理とかパッケージ読み込みとかで重宝
```{r, include=FALSE}
library(zousan)
```

yamlヘッダ

yamlヘッダの基本

  • ドキュメントの全体的な設定など記述
  • yaml記法で記述
    • 左のスペース、重要
    • 多分感覚をつかむまでは、見様見真似でやっていったほうがいいです

主な項目

  • Title:はドキュメントのタイトル
  • author:は名前
  • date:は日にち
  • output:は出力形式に関して
    • ここで出力を指定・設定
    • まずはここでいろいろ試しましょう

レンダリング

Knitボタン

  • RStudioのKnitボタンでおk
    • うまくいったらViewerに表示
    • あるいは別ウィンドウにて表示

論文をR Markdownで書きたい

論文をRmdで書くなら…?

  • 図表を論文向けの書式に
    • Rコードの出力でがんばろう
    • 図ならggplot2でテーマがあります
    • 表も準拠したものがあります
  • 文献リストを自動化して
    • Citation機能を利用しましょう
  • 某フォーマットを自動であててくれ
    • テンプレートを活用しましょう

citationの使い方

  • 詳しくは本家のドキュメントを参照してください
    • Pandocのcitation機能を利用しています
    • なのでかなり簡単にもってこれます
    • (デモで説明)

テンプレートの活用

  • R Markdownはほぼすべての出力でテンプレートを活用できます
    • なので、docxでもいけます
    • これもPandocの機能を利用しています
    • (デモで説明)

参考資料

R Markdownのドキュメント

こちらもおすすめ

  • R Markdown CheatSheet
    • RStudio謹製のチートシート。
  • R Markdown Reference Guide
    • チャンクオプションやyaml設定などのリファレンス。
  • r-wakalang
    • rのチャットルーム。詳しくはこちら
    • 国内最強のメンバーが超優しく、そして即対応してくれます

さいごに

Enjoy!