Rで本を作りたい

前田和寛

2016/11/27

はじめに

自己紹介

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R Markdwonとは

Rでドキュメント生成

  • Rはデータ解析
  • 実はRでドキュメントを生成することが可能
    • R Markdownを利用
    • その便利さ、その将来性に注目が

Rでやるメリット

  • 分析からレポート生成までが完結
    • WordもExcelも(そしてぱわぽも)いらない
    • コピペ汚染からの開放
  • 再現性の確保
    • 同一の内容をそのまま再現できる
  • 再利用、配布が簡単
    • コードを簡単に再利用可能
    • テキストデータなので運用が簡単
  • 作るのが簡単
    • ドキュメント部分は基本Markdown
  • and more!!

基本的な考え方

  1. R Markdownファイルを準備
  2. 中身を記述
  3. レンダリングして出力を確認
  4. 2と3を繰り返す
  5. 完成

参考資料

R Markdown

本家のサイト。ここに始まりここに終わります。チュートリアルが最強。

R Markdownで楽々レポートづくり

日本語でR Markdownがどういうものなのかを解説してあります。

R Markdown入門

スライドで要点を簡単にまとめています。

Rで本を作りたい

ドキュメントをまとめたい

  • ドキュメントがだいぶたまってきた
  • テキストをRmdで作りたい
  • 分析の本をつくりたい
  • 薄い本を自作して売っておこづk

できればWebサイトじゃなくてePubやpdfでできないのか?

bookdownパッケージ

  • 複数のRmdファイルをまとめて一冊の書籍ファイルを生成
    • gitbook形式, ePub形式, pdf形式
    • 本を通じての図表番号割り振り
    • 表紙画像もおk
    • citationも対応
  • サンプル

仕組み

  • 復数のRmdファイルをまとめ,Pandocで出力

準備

bookdownパッケージ(必須)

install.packages("bookdown")でOK

RStudio(できれば)

v1.0以上で。

tex環境

pdf出力に必須。ただしいつものpdf_document以上に罠多し。

ePubビューワ

ePub出力結果の確認に必要。

作り方

最低限の構成

以下の要素は基本必要です:

  • _bookdown.yml
  • _output.yml
  • *.Rmd
  • *.Rmd …

_bookdown.yml

書籍全体に関する設定を記述します:

book_filename: "R usui book"  # 書籍名(ファイル名になる)
chapter_name: "ch: "          # この場合 ch: 1 と自動で振られる
output_dir: "docs"            # 出力先の指定(デフォは"_book")
rmd_files:                    # 使用するRmdファイルを指定
  - kosaki.Rmd                  # この順番に束ねます
  - Rmds/sweet.Rmd              # デフォではファイル名昇順

その他は本家ドキュメントの4.4とかを参照。

_output.yml

output設定を記述します:

bookdown::epub_book: default
bookdown::gitbook:
  css: style.css
  split_by: "rmd"
  config:
    toc:
      before: |
        <li><a href="./">book title.</a></li>
      after: |
        <li><a href="https://github.com/rstudio/bookdown" target="blank">Published with bookdown</a></li>
bookdown::pdf_book:
  keep_tex: yes

その他は本家ドキュメントの3とかを参照。

レンダリング

  • RStudioなら,BuildパネルでBuild Bookから選択(デモ)
    • yamlヘッダーを(ちゃんと)作ったRmdファイル(ここではindex.Rmd)があるなら，以下のような感じでOK

      • gitbook形式:

        bookdown::render_book("index.Rmd", output_format = "bookdown::gitbook")

      • epub形式:

        bookdown::render_book("index.Rmd", output_format = "bookdown::epub_book")

      • pdf形式:

        bookdown::render_book("index.Rmd", output_format = "bookdown::pdf_book")

注意点

文字コード

  • bookdownがサポートしているのはUTF-8のみ

All R Markdown files must be encoded in UTF-8, especially when they contain multi-byte characters such as Chinese, Japanese, and Korean.

— Yihui Xie

日本語見出しについて

pdf & ggplot2 & 日本語の罠

  • pdf_book出力形式でggplot2で作成した図に日本語を使用すると文字化け(もしくはエラー)
    • pdf_book(正確にはpdf_document)の場合，Rチャンクの出力はdev=pdf()がデフォ
    • これが日本語を含むggplot2出力でひっかかる
  • 回避策(暫定的)
    • dev=png()に変更させる
      • 画質調整しないとpdfで汚くなる
    • dev=cairo_pfd()の利用
      • でも全体に設定するとhtmlやepubでコケる
      • トリックはあるけど…(検証中)

Merge-KnitかKnit-Mergeか

  • こういう流れでも可能:

さいごに

楽して作りたいんだよ

Enjoy!