標準で入る項目

---
title: "Untitled"
author: "kazutan"
date: "2017年2月17日"
output: html_document
---

練習: tocを有効にする

---
(省略)
output:
  html_document:
    toc: true
---

練習: floating tocを有効にする

---
(省略)
output:
  html_document:
    toc: true
    toc_float: true
---

toc関連の設定項目

---
(省略)
output:
  html_document:
    toc: true
    toc_depth: 2
    toc_float: true
    number_section: true
---

出力まわり

---
(省略)
output:
  html_document:
    keep_md: true
    self_contained: true
---

---
(省略)
output:
  html_document:
    md_extentions: NULL
    pandoc_args: NULL
---

その他の設定項目について

• html_documentで使える項目一覧は以下にまとめました:
  • R Markdownのhtml_documentで指定できるyamlヘッダ項目について
• その他、以下の資料を参考にしてください:
  • R Markdownチートシート(日本語版, pdf)
  • R Markdownのhtml documentの解説ページ

なぜR Markdownでスライドを作るのか?

• 先述したドキュメント生成のメリットは共通
• スライドはアウトラインから起こすと作りやすい
  • セクション、各スライドタイトル、コンテンツで構成
  • シンプルなルールがそのまま適用できる
• レイアウトやテーマ要素をいちいち考えなくていい
  • ごてごてしたレイアウト、本当に必要?
  • テーマはスライドで共通してるから全体設定すればOK

スライド作成のバリエーション

• R Presentation
  • RStudioに組み込まれたものでreveal.jsがベース
  • 現状あまりおすすめしにくい
• ioslides
  • rmarkdown標準で組み込み。結構きれい
• slidy
  • rmarkdown標準で組み込み。いまいち
• beamer
  • てふにしゃん御用達でpdfファイル形式
• {revealjs}パッケージ
  • 多機能、デザイン豊富、カスタマイズしやすい
  • このスライドもこれで作ってます

Rmdでスライドを作るには

以下のワークフローで進めます:

1. スライド用のRmdファイルを新規で作成
2. 内容を編集
3. knitして確認
4. 2と3を繰り返す
5. 完成

ほぼドキュメントのときと違いませんが、どれで作るかによって1と2が変化してきます

ioslidesでスライド作成

1. R Markdownファイルをダイアログボックスから作成
   • Presentationに切り替える
   • ioslides(HTML)を選択してOK

2. 内容を編集してKnitを実行
3. こういうスライドができあがります

ioslidesの使い方

• スライド区切り
  • 見出しレベル2##が各スライドのタイトル
    • レベル3以下はスライド内部の見出しとして処理
  • 見出しなしでのスライド区切りは---で
• セクション区切り
  • 見出しレベル1#の見出しがセクション区切り
  • スライド内コンテンツを入れても表示される
• いろんな機能がありますので、以下を参照してください
  • Presentations with ioslides

revealjsパッケージで作成

1. パッケージをインストール

# CRANから
install.packages("revealjs")
# GitHubから
devtools::install_github("rstudio/revealjs")
# githubinstallパッケージでもok
githubinstall::githubinstall("revealjs")

2. R Markdownファイルをダイアログボックスから作成
   • From Templateに切り替える
   • revealjs Presentationを選択してOK

3. 内部を編集してKnitを実行
4. こういうスライドができあがります

revealjsの使い方

• 水平スライド遷移のみ(1Dスライド)
  • 見出しレベル2##でスライド区切り
  • レベル1#は使用しないこと
  • タイトル無しスライド区切りは---
• 水平･垂直スライド遷移(2Dスライド)
  • 見出しレベル1がセクション区切り
  • 見出しレベル2がスライド区切り
  • 同一セクションが縦に連なり、セクションが移る際右へ
  • セクション見出しのスライドはタイトルのみ
    • 何か書くと垂直が機能しなくなります

---
output:
  revealjs::revealjs_presentation:
    theme: sky
---

---
output:
  revealjs::revealjs_presentation:
    css: style.css
---

• その他、いろんなことができます
  • 詳しくは本家のドキュメントを参照してください
  • https://github.com/rstudio/revealjs
• ほぼ内容かぶりますが、昔まとめたのがこちらです
  • https://kazutan.github.io/SappoRoR6/rmd_slide.html
• あるいは、Twitterなどで私に直接聞いてください

スライドが戻る(進まない)

• 見出しがかぶるとこういう症状が発生します
  • htmlの{#id}が自動生成されるときに重複するため
  • これはPandocによる変換のときに付与されています
    • この自動付与のルールについては、Pandoc Markdownの仕様を確認してください
• 日本語&半角英数字の見出しだと、半角英数字がかぶるだけで発生
  • {rmarkdown}がPandocに送るデフォルト設定の仕様です
  • 正直つらい

• 回避策
  • htmlドキュメントの場合、以下のおまじないを入れておいてください

  ---
  output:
    html_document:
      md_extensions: -ascii_identifiers
  ---

  • revealjsの場合は以下のようにしてください

  ---
  output:
    revealjs::revealjs_presentation:
      pandoc_args: [
    '--from', 'markdown+autolink_bare_uris+tex_math_single_backslash-implicit_figures'
  ]
  ---

  • それでもうまくいかないときは、見出しを変更するか、以下のように`#idを手動で付与してください

  # ほげほげ{#hogehoge}

スライドの縦が足りない

• まずは1枚に収まるように内容を再考しましょう
  • その内容は本当に必要ですか?
• どうしても必要なら…
  • 適当なところで---を差し込んで複数に分ける
  • slidyを使う

○○を追加したい!

• 基本、html上で実現可能なものならすべて対応できます
  • Rmd(というかmd)はhtml直打ちに対応
• html_documentはjQueryとbootstrapを組み込んでる
  • これらで実現できることならわりと簡単にできる
• 面倒だったら、直接私に聞いてください

インタラクティブな要素を組み込みたい

• RにはShinyがあります
  • langtestはshinyです
  • 詳しくはshinyマスターへご相談ください

PythonでR Markdownみたいなのないの?

• 私の知る限り、ここまでのものは現在ありません
  • でもR Markdown上でPythonを実行できます
  • 詳しくは以下を参照してください
  • http://rmarkdown.rstudio.com/authoring_knitr_engines.html

デフォルトで入ってくる文字列うざい

• Rmdのテンプレートを自作する方法が
  • 詳しくは本家ドキュメントを
  • ただし、Pandocの知識が必要 = 面倒だったら、zousan::new_rmd_ja()を
  • 自分用に作りました
  • ただし、急に仕様変更使用することがあるので注意

チャンクを入れるのがめんどくさい

• チャンクを入れるボタンがあります
• キーボードショートカットを活用
  • Ctrl/Cmd + Alt + I
• Knitにもキーボードショートカットあります
  • Ctrl/Cmd + Shift + K
• チャンク内コードを実行するショートカットも
  • Ctrl/Cmd + Shift + Enter

Windowsだと文字化けしたりする

まずはhtml_documentになれる

• これが一番の基本です
  • 公式ドキュメントを一度見てください
  • http://rmarkdown.rstudio.com/html_document_format.html
• チャンクオプションやyamlについてはよく使うのをおさえればOK
  • わからなくなったら、RStudioのヘルプメニューへ
    • R Markdown CheatSheatが便利です
    • R Markdown Reference Guideもいい感じです

Pandocについて調べる

• R MarkdownはPandocを使ってmdを変換
  • よくも悪くもPandocの仕様が大きく影響
  • 文量が多いですが、以下を読むとかなり理解が進みます
  • http://sky-y.github.io/site-pandoc-jp/users-guide/
    • 実際、私はよくここでトラブルの解決策を探してます

CSSとJavascriptを勉強する

• htmlドキュメントはcssで書式設定
  • cssが使えるようになれば自由自在
  • Bootstrapが標準で組み込まれている
    • あわせてこちらもチェックするとより便利に
• jsが使えると幅が広がる
  • 動的なものも作れるように
  • jQueryが標準で組み込まれている
    • あわせてこちらもチェックするとよりすごいことが

いろんな出力フォーマットを試す

• docxドキュメントやpdf(tex)にも対応
• Webサイト構築も
• Blogも作れる
• 電子書籍も作れる

おすすめ図書

• 再現可能性のすゝめ―RStudioによるデータ解析とレポート作成―
  • http://www.kyoritsu-pub.co.jp/bookdetail/9784320112438
  • R Markdown入門の決定版
  • なぜ再現可能性なのか、なぜR Markdownなのかを丁寧に説明
  • マストバーイ
• RユーザのためのRStudio［実践］入門
  • http://gihyo.jp/book/2018/978-4-7741-9853-8
  • 通称｢宇宙本｣
  • R Markdownだけではなく、RStudioからデータハンドリング、ggplo2までカバー

Enjoy!