おそらくはExcelやLibreOffice Calcなどのアプリケーションで手入力していくかと思います。ここではExcelを前提に進めますが、他のアプリケーションでもほぼ共通だと考えてください。
例えばTime1とTime2などの時系列調査の場合、それぞれ別のシートにそれぞれ入力してください。Rでそれぞれを読み込み、対応づける変数をキーにして統合(マージ)する方がスムーズです。簡単に統合できますし、ローデータの管理が簡単になります。
後でRに読み込ませることを念頭におくと、1行目を変数名にしておくと便利です。ただし以下の注意点があります:
_と.は使用可能。それ以外は避けるある尺度の各項目などはs101などの連番にしとくと後々便利です。
実験プログラムなどから自動的にデータを入力させていたり、Webフォームなどから取得する場合もあるでしょう。このような場合でも上述の質問紙の時と同じような点に気をつけてください。
よくGoogle Formなどを使ってアンケートを実施することがありますが、他のソフト同様複数回答は面倒になりますので、調査計画からよく考えてください。あのフォーマットを変更させるのめんどうです。
Rでデータセットを読みこませる方法の具体は後述しますが、テーブル(シート)ごとにcsv形式ファイルにしとくのがわかりやすいでしょう。なお、Excelファイル(.xlsx)を直接読み込むことも可能です。